Eskuina hautatuz zelularik gabeko DNA odol hodiak funtsezkoa da cfDNA analisi fidagarria bermatzeko. Hodi espezializatuetan bildutako plasma-laginek egonkortasun handiagoa eta kutsadura murriztua erakusten dute serum-laginen aldean. Ikerketek agerian uzten dute EDTA hodiak, sei orduko epean prozesatzen direnean, ctDNA analisirako baldintza optimoak eskaintzea. Hala ere, prozesatzeko atzerapenek laginaren kalitatea arriskuan jar dezakete. Kalitate handiko odola biltzeko sistemek, hala nola PAXgene hodiak, hemolisia minimizatzen dute eta cfDNA osotasuna mantentzen dute denbora luzez. Aurrerapen hauek hodi hautatzeko garrantzia azpimarratzen dute cfDNA errendimendua, garbitasuna eta egonkortasuna mantentzeko, ezinbestekoak bai ikerketarako bai aplikazio klinikoetarako.
EDTA hodiak gehien erabiltzen direnen artean daude zelularik gabeko DNA odol hodiak bai ikerketan bai klinikoetan. Hodi hauek egokiak dira cfDNA analisirako plasma laginak biltzeko, bereziki zirkulatzen duten tumoreen DNA (ctDNA). Hala ere, haien eraginkortasuna garaiz prozesatzeko araberakoa da. Plasma prestatzea barruan egin behar da sei ordu bilketa DNA genomikoaren (gDNA) kutsadura saihesteko eta cfDNA egonkortasuna bermatzeko. EDTA hodiak errentagarriak eta oso eskuragarriak diren arren, baliteke hodi espezializatuak bezain ondo funtzionatzea prozesatzeko atzerapenak gertatzen direnean.
Streck hodiak espezializatuak dira odola biltzeko hodiak cfDNA osotasuna denbora luzez zaintzeko diseinatua. Hodi hauek zelulen lisia prebenitzen duten agente egonkortzaileak dituzte, gDNA kutsatzeko arriskua murriztuz. Streck hodiek EDTA hodiak gainditzen dituzte cfDNA kalitatea mantentzen garraiatu eta biltegiratzeko garaian, eta berehala prozesatzea bideragarria ez den agertokietarako aproposa da. Baldintza kontrolatu gabe egunez cfDNA egonkortzeko duten gaitasunak ikertzaile eta kliniko askorentzat hobetsitako aukera bihurtu ditu.
Zelularik gabeko DNA BCT cfDNA analisirako beste aukera aurreratu bat da. Hodi hauek cfDNAren egonkortasuna zabaltzeko diseinatuta daude, degradazioa eta kutsadura saihestuz. Bereziki erabilgarriak dira plasma laginak luzaroan gordetzea edo garraiatzea eskatzen duten azterketetarako. Aldakortasun preanalitikoa gutxituz, hodi hauek cfDNA erauzketa eraginkortasuna eta etekina hobetzen dituzte, doitasun handiko aplikazioetarako aukera fidagarri bihurtuz.
Ikerketan, zelularik gabeko DNA odol hodiak rol kritikoa jokatzen dute cfDNA mantentzen beherako aplikazioetarako. cfDNAren osotasuna eta egonkortasuna bermatzen dute, ctDNA bezalako biomarkatzaileen azterketa zehatza ahalbidetuz. Ikertzaileek hodi horietan oinarritzen dira gDNA-rekin kutsatzea saihesteko, eta horrek emaitzen baliotasuna arriskuan jar dezake. Horrez gain, hodi espezializatuek biltegiratze eta garraio hedatu ahalbidetzen dute, eskala handiko azterketak eta gune anitzeko lankidetzak erraztuz.
Inguru klinikoetan, hodi hauek cfDNA analisia onartzen dute diagnostiko eta pronostikorako. Mutazio genetikoak, aldaketa epigenetikoak eta medikuntza pertsonalizaturako funtsezkoak diren beste biomarkatzaile batzuk detektatzeko aukera ematen dute. cfDNA kalitatea mantenduz, hodi hauek emaitza fidagarriak ziurtatzen dituzte biopsia likidoko probetan. Garraioan zehar cfDNA egonkortzeko duten gaitasunak proba deszentralizatuetarako ere egokiak bihurtzen ditu, non laginak urruneko kokapenetan biltzen diren eta laborategi zentraletan aztertzen diren.
Odola biltzeko hodi motak nabarmen eragiten du cfDNA errendimenduan. EDTA hodiek askotan cfDNA etekin txikiagoak sortzen dituzte hodi espezializatuekin alderatuta. Analisi konparatibo batek agerian uzten du EDTA hodiek cfDNA zati txikiagoak ematen dituztela eta DNA genomikoaren (gDNA) kutsadura handiagoa dutela. Aitzitik, Streck eta Cell-Free DNA BCT bezalako hodi espezializatuek cfDNA etekin handiagoak eta zatien tamaina handiagoak mantentzen dituzte gDNA kutsadura gutxitzen duten bitartean.
| Hodi mota | cfDNA etekina | Fragmentuaren Tamaina | gDNA kutsadura |
|---|---|---|---|
| EDTA | Behean | Txikiagoa | Goi-mailako |
| Specialized | Goi-mailako | Larger | Behean |
Ikerketa gehiagok erakusten dute EDTA hodiek a batez besteko pisu molekular baxuko (LMW) cfDNA 1,925 GEs/ml plasma, Zelularik gabeko DNA BCT hodiek, berriz, 1,591 GE/mL ematen dute 24 orduren buruan eta 1,514 GE/mL 72 orduren buruan. Errendimenduaren aldeak estatistikoki esanguratsuak ez diren arren (ANOVA p = 0.439), hodi espezializatuek egonkortasun hobea erakusten dute denboran zehar.
Hainbat faktorek cfDNA garbitasunean eragiten dute erauzketan. Analitika aurreko urratsek, odol-bilketa eta manipulazioa adibidez, zeregin kritikoa dute. Globulu zurietatik (WBC) basati motako DNA askatzeak plasma prestatzeko atzerapenetan, cfDNA garbitasuna arriskuan jar dezake. Zelularik gabeko DNA BCT bezalako hodi espezializatuek WBCak egonkortzen dituzte, DNA askatzea saihestuz eta cfDNA purutasuna hobetuz.
EDTA hodi estandarrak WBC DNAren kutsadura handia erakusten du odola atera eta 24 orduetan. Egonkortze-hodiek kutsadura hori 14 egun arte atzeratzen dute. Gainera, cfDNA analisirako plasma hobesten da serumaren aldean, gDNA kutsadura txikiagoa delako. Zentrifugazio-metodoek cfDNAren kalitatean ere eragina dute, abiadura baxuko eta abiadura handiko zentrifugazioaren konbinazioarekin emaitza optimoak emanez.
cfDNA erauztearen eraginkortasuna hodi mota eta erauzketa-kitetan aldatzen da. Hodi espezializatuek EDTA hodiak gainditzen dituzte cfDNAren osotasuna mantenduz, eta ondorioz, erauzketa eraginkortasun handiagoa da. Erauzketa-kiten artean, QIAamp zirkulatzen duten azido nukleikoen kit-a eraginkortasunik handiena da, errendimendu eta garbitasun handiagoa eskainiz. NucleoSpin Plasma XS kit-ak errendimendu ona eskaintzen du baina errendimendu apur bat txikiagoak eskaintzen ditu, eta MagMAX Viral/Pathogen Nukleic Isolation Kit-ak prozesatzeko denbora azkarragoak baina emaitza koherenteak eskaintzen ditu.
| Kit izena | Erauzketa-eraginkortasunaren sailkapena | Errendimenduari buruzko oharrak |
|---|---|---|
| QIAamp zirkulatzen duten azido nukleikoen kit | 1 | Errendimendu handia eta garbitasuna. |
| NucleoSpin Plasma XS | 2 | Errendimendu ona baina errendimendu apur bat txikiagoa. |
| MagMAX azido nukleiko biralak/patogenoak isolatzeko kit | 3 | Prozesatzeko denbora azkarra baina emaitza aldakorrak. |
Faktore aurreanalitikoek, prozesatzeko denborak, biltegiratze-baldintzak eta erauzketa-metodoek barne, nabarmen eragiten dute cfDNA erauzteko eraginkortasuna. Beno-zuntketaren ondoren plasma prestatzeak cfDNA zati laburragoak sortzen ditu, eta atzerapenek zati luzeagoak eta garbitasun murriztea eragin dezakete. Odola biltzeko hodiak aukeratzeak cfDNA errendimenduan eta zatien tamainan ere eragina du. Hodi espezializatuek, zentrifugazio protokolo optimizatuekin konbinatuta, aldakortasun preanalitikoa minimizatzen dute eta cfDNA berreskuratzea hobetzen dute.
cfDNA denboran zehar mantentzea erabilitako odol-bilketa-hodi motaren eta laginak gordetzeko baldintzen araberakoa da. EDTA hodietan bildutako plasma laginak egokiak dira cfDNA analisirako baldin sei orduko epean prozesatu. Epe horretatik aurrerako atzerapenek DNA genomikoaren kutsadura arriskua areagotzen dute, cfDNA egonkortasuna murriztuz. Hodi espezializatuak, esaterako cfDNA BCTak, arrisku horiek arindu, globulu zuriak egonkortuz eta DNA askatzea saihestuz.
cfDNA-ren kontzentrazio baxuak bereziki zaurgarriak dira biltegiratzean degradazioan. Errepikaturiko izozte-desizozte zikloek arazo hau areagotzen dute, batez ere DNA zati handiagoetan. Biltegiratzeko polipropilenozko hodiak erabiltzeak ADNaren xurgapena murrizten du, eta cfDNAren osotasuna areagotzen du. Neurri hauek funtsezkoak dira plasmako cfDNAren kalitatea mantentzeko, beherako aplikazioetan emaitza fidagarriak ziurtatzeko.
Egonkortzaileek funtsezko eginkizuna dute cfDNA egonkortasuna mantentzeko. Odola biltzeko hodi espezializatuak, hala nola Streck eta Zelularik gabeko DNA BCT, zelulen lisisa eragozten duten eta jarduera entzimatikoa galarazten duten agente kimikoak dituzte. Honek DNA genomikoaren askapena murrizten du plasmara, cfDNA purutasuna mantenduz. Ikerketek erakusten dute hodi hauek cfDNA kalitatea berdin mantentzen dutela hiru egunez. Hala ere, zazpi egun igaro ondoren, hodi espezializatuek EDTA hodiak gainditzen dituzte degradazioa eta kutsadura saihesteko. Ezaugarri hauek ezinbestekoak dira biltegiratze edo garraio hedatu behar duten agertokietarako.
Tenperaturaren gorabeherek nabarmen eragiten dute cfDNAren egonkortasunean. Gomendatutako 6-37 °C arteko tartetik kanpo gordetako odol laginek DNA genomikoaren kutsadura areagotu egiten dute. Adibidez, 4 °C edo 40 °C-tan gordetzea hiru edo bost egunez DNA genomikoaren mailaren igoera nabarmena dakar, plasmaren kalitatea arriskuan jarriz. PAXgene Blood ccfDNA Hodiek hemolisia minimizatzen dute eta cfDNA osotasuna mantentzea baldintza ezberdinetan. Hamar egunez giro-tenperaturan (25 °C-ra arte) gordetako laginek gutxieneko degradazioa erakusten dute, eta cfDNA analisirako odola biltzeko hodi egokiak hautatzearen garrantzia nabarmentzen da.
Biltegiratze iraupenak zuzenean eragiten du cfDNAren egonkortasunean. Odola jaso ondoren plasma berehala prestatzeak cfDNA kalitate optimoa bermatzen du. Atzerapenak gertatzen badira, laginak 2-8 °C-tan hoztu behar dira lau ordu baino gehiagoz kutsadura saihesteko. Hodi espezializatuek biltegiratze denborak baldintza kontrolatu gabe luzatzen dituzte, EDTA hodiak gainditzen dituzte cfDNAren osotasuna zaintzeko. Aurrerapen horiei esker, ikertzaile eta klinikoek kalitate handiko plasma laginak denbora luzez mantentzen dituzte, cfDNA analisi fidagarria erraztuz.
Ikertzaileek lehentasuna eman beharko lukete kalitate handiko odola biltzeko hodiak cfDNA egonkortasuna bermatzeko eta beheranzko esperimentuetan aldakortasuna minimizatzeko. Hodi dedikatuek, hala nola PAXgene Blood ccfDNA Tubes, cfDNA egonkortzen dute odol osoko laginetan eta hemolisia murrizten dute garraiatzeko edo biltegiratzeko garaian. Plasma da hobetsitako lagin mota cfDNA analisirako, serumarekin alderatuta kutsatzeko arrisku txikiagoa duelako. Eskala handiko azterketak edo gune anitzeko lankidetzak egiten dituzten ikertzaileek cfDNAren osotasuna mantentzen duten hodiak hautatu behar dituzte baldintza ezberdinetan. Ikuspegi honek cfDNA erauzketa eta arazketa fidagarria bermatzen du biomarkatzaileen azterketetarako.
Inguru klinikoetan, odola biltzeko hodien aukeraketa cfDNA analisiaren eskakizun espezifikoen araberakoa da. Plasma laginak sarritan hobesten dira diagnostikorako, cfDNA purutasun handiagoa ematen baitute. Klinikariek antikoagulatzaileen bateragarritasuna egiaztatu behar dute ondorengo probekin, emaitzak arriskutsuak saihesteko. Hodi espezializatuak, hala nola Streck edo Zelularik gabeko DNA BCT, aproposak dira cfDNA kontserbatzeko laborategi zentraletara garraiatzen diren bitartean. Hodi hauek zelulen lisia saihesten dute eta cfDNA egonkortasuna mantentzen dute, biopsia likidoaren probetarako eta beste diagnostiko-aplikazio batzuen emaitza zehatzak bermatuz.
Biltegiratze-baldintza egokiak ezinbestekoak dira cfDNA egonkortasuna mantentzeko. Odol laginak berehala prozesatu behar dira degradazioa saihesteko. Berehala prozesatzea posible ez bada, 2-8 ºC-tan hoztea gomendatzen da lau orduz. Epe luzerako biltegiratzeko, plasma laginak –80 °C-tan gorde behar dira cfDNA osotasuna gordetzeko. PAXgene Blood ccfDNA Tubes erabiltzeak egonkortasuna bermatzen du biltegiratze eta bidalketa bitartean, tenperatura-baldintza desberdinetan ere. Kudeaketa koherenteek cfDNA degradatzeko arriskua murrizten dute.
cfDNA biltegiratu eta manipulatzean kutsadura gutxitzea funtsezkoa da analisi fidagarri baterako. Kalitate handiko odola biltzeko hodiek zelulen lisia saihesten dute eta DNA genomikoaren kutsadura murrizten dute. Plasma prestatzeko, zentrifugatzeko eta biltegiratzeko protokolo estandarizatuek cfDNA garbitasuna areagotzen dute. Behin eta berriro izozte-desizozteko zikloak saihesteak eta biltegiratzeko polipropilenozko hodiak erabiltzeak cfDNA kalitatea mantentzen laguntzen du. Neurri hauek ziurtatzen dute cfDNA erauzteak eta arazteak emaitza zehatzak eta errepikagarriak izatea.
Eskuina hautatuz zelularik gabeko DNA biltzeko hodia funtsezkoa da cfDNA analisi fidagarria egiteko. Hodiaren aukeraketak zuzenean eragiten du cfDNAren kalitatea laginak egonkortuz eta odol-globulu zurietatik basati-mota DNA askatzea eragotziz. Hodi espezializatuak, esaterako cfDNA BCTak, aukera estandarrak gainditzen ditu cfDNAren osotasuna 14 egun arte mantenduz. Plasmak, serumaren gainetik hobetsita, bere egonkortasunagatik eta kutsadura arrisku txikiagoagatik, analisiaren fidagarritasuna areagotzen du. Faktore hauek hodien hautaketaren eginkizun kritikoa nabarmentzen dute ikerketarako zein aplikazio klinikoetarako emaitza zehatzak ziurtatzeko.
