Għażla tal-lemin tubi tad-demm tad-DNA ħielsa minn ċelluli huwa kritiku biex tiġi żgurata analiżi cfDNA affidabbli. Kampjuni tal-plażma miġbura f'tubi speċjalizzati juru stabbiltà superjuri u kontaminazzjoni mnaqqsa meta mqabbla mal-kampjuni tas-serum. Studji juru li Tubi EDTA, meta pproċessati fi żmien sitt sigħat, jipprovdu l-aħjar kundizzjonijiet għall-analiżi ctDNA. Madankollu, dewmien fl-ipproċessar jista 'jikkomprometti l-kwalità tal-kampjun. Sistemi ta 'ġbir tad-demm ta' kwalità għolja, bħal tubi PAXgene, jimminimizzaw l-emolisi u jippreservaw l-integrità cfDNA fuq perjodi estiżi. Dawn l-avvanzi jenfasizzaw l-importanza tal-għażla tat-tubu fiż-żamma tar-rendiment, il-purità u l-istabbiltà tas-cfDNA, li huma essenzjali kemm għar-riċerka kif ukoll għall-applikazzjonijiet kliniċi.
Tubi EDTA huma fost l-aktar komunement użati tubi tad-demm tad-DNA ħielsa minn ċelluli kemm fir-riċerka kif ukoll f'ambjenti kliniċi. Dawn it-tubi huma adattati biex jiġbru kampjuni tal-plażma għall-analiżi cfDNA, partikolarment DNA taċ-ċirkolazzjoni tat-tumur (ctDNA). Madankollu, l-effettività tagħhom tiddependi fuq l-ipproċessar f'waqtu. Il-preparazzjoni tal-plażma għandha sseħħ fi ħdan sitt sigħat tal-ġbir biex tiġi evitata l-kontaminazzjoni bid-DNA ġenomika (gDNA) u tiġi żgurata l-istabbiltà tas-cfDNA. Filwaqt li t-tubi EDTA huma kost-effettivi u disponibbli b'mod wiesa ', jistgħu ma jaħdmux tajjeb daqs tubi speċjalizzati meta jseħħ dewmien fl-ipproċessar.
Tubi Streck huma speċjalizzati tubi tal-ġbir tad-demm iddisinjat biex jippreserva l-integrità tas-cfDNA fuq perjodi estiżi. Dawn it-tubi fihom aġenti stabilizzanti li jipprevjenu l-liżi taċ-ċelluli, u jnaqqsu r-riskju ta 'kontaminazzjoni tal-gDNA. It-tubi Streck jaqbżu t-tubi EDTA fiż-żamma tal-kwalità tas-cfDNA waqt it-trasport u l-ħażna, u jagħmluhom ideali għal xenarji fejn l-ipproċessar immedjat mhuwiex fattibbli. Il-kapaċità tagħhom li jistabbilizzaw is-cfDNA għal jiem mingħajr kundizzjonijiet ikkontrollati għamlithom għażla preferuta għal ħafna riċerkaturi u kliniċisti.
DNA Ħieles Miċ-Ċelluli BCT hija għażla avvanzata oħra għall-analiżi cfDNA. Dawn it-tubi huma mfassla biex jestendu l-istabbiltà tas-cfDNA billi jipprevjenu d-degradazzjoni u l-kontaminazzjoni. Huma partikolarment utli għal studji li jeħtieġu ħażna fit-tul jew trasport ta 'kampjuni tal-plażma. Billi jimminimizzaw il-varjabilità preanalitika, dawn it-tubi jtejbu l-effiċjenza u r-rendiment tal-estrazzjoni ta 'cfDNA, u jagħmluhom għażla affidabbli għal applikazzjonijiet ta' preċiżjoni għolja.
Fir-riċerka, tubi tad-demm tad-DNA ħielsa minn ċelluli għandhom rwol kritiku fil-preservazzjoni tas-cfDNA għal applikazzjonijiet downstream. Huma jiżguraw l-integrità u l-istabbiltà ta 'cfDNA, li jippermettu analiżi preċiża ta' bijomarkaturi bħal ctDNA. Ir-riċerkaturi jiddependu fuq dawn it-tubi biex jipprevjenu l-kontaminazzjoni bil-gDNA, li jistgħu jikkompromettu l-validità tar-riżultati. Barra minn hekk, tubi speċjalizzati jippermettu ħażna u trasport estiżi, li jiffaċilitaw studji fuq skala kbira u kollaborazzjonijiet f'diversi siti.
F'ambjenti kliniċi, dawn it-tubi jappoġġjaw analiżi cfDNA għal skopijiet dijanjostiċi u pronjostiċi. Jippermettu l-iskoperta ta’ mutazzjonijiet ġenetiċi, bidliet epiġenetiċi, u bijomarkaturi oħra kritiċi għall-mediċina personalizzata. Billi jżommu l-kwalità tas-cfDNA, dawn it-tubi jiżguraw riżultati affidabbli fit-testijiet tal-bijopsija likwida. Il-kapaċità tagħhom li jistabbilizzaw is-cfDNA waqt it-trasport tagħmilhom ukoll adattati għall-ittestjar deċentralizzat, fejn il-kampjuni jinġabru f'postijiet remoti u jiġu analizzati f'laboratorji ċentrali.
It-tip ta 'tubu tal-ġbir tad-demm jaffettwa b'mod sinifikanti r-rendiment ta' cfDNA. Tubi EDTA ħafna drabi jipproduċu rendimenti ta 'cfDNA aktar baxxi meta mqabbla ma' tubi speċjalizzati. Analiżi komparattiva turi li tubi EDTA jagħtu frammenti iżgħar ta 'cfDNA u juru kontaminazzjoni ogħla minn DNA ġenomika (gDNA). B'kuntrast, tubi speċjalizzati bħal Streck u Cell-Free DNA BCT iżommu rendimenti ogħla ta 'cfDNA u daqsijiet akbar ta' frammenti filwaqt li jimminimizzaw il-kontaminazzjoni tal-gDNA.
| Tip ta 'Tubu | Rendiment cfDNA | Daqs tal-Framment | Kontaminazzjoni tal-gDNA |
|---|---|---|---|
| EDTA | Lower | Iżgħar | Ogħla |
| Speċjalizzati | Ogħla | Akbar | Lower |
Studji ulterjuri juru li tubi EDTA jiksbu a cfDNA medju ta' piż molekulari baxx (LMW) ta' 1,925 GEs/mL plażma, filwaqt li t-tubi BCT tad-DNA Ċelluli Ħieles jagħtu 1,591 GEs/mL wara 24 siegħa u 1,514 GEs/mL wara 72 siegħa. Għalkemm id-differenzi fir-rendiment mhumiex statistikament sinifikanti (ANOVA p = 0.439), tubi speċjalizzati juru stabbiltà aħjar maż-żmien.
Diversi fatturi jinfluwenzaw il-purità tas-cfDNA waqt l-estrazzjoni. Passi pre-analitiċi, bħall-ġbir u l-immaniġġjar tad-demm, għandhom rwol kritiku. Ir-rilaxx mhux intenzjonat ta 'DNA tat-tip selvaġġ minn ċelluli bojod tad-demm (WBCs) waqt dewmien fil-preparazzjoni tal-plażma jista' jikkomprometti l-purità tas-cfDNA. Tubi speċjalizzati bħal DNA Cell-Free BCT jistabbilizzaw il-WBCs, jipprevjenu r-rilaxx tad-DNA u jtejbu l-purità tas-cfDNA.
Tubi EDTA standard juru kontaminazzjoni sinifikanti mid-DNA tal-WBC fi żmien 24 siegħa mit-teħid tad-demm. Tubi stabilizzanti jdewmu din il-kontaminazzjoni sa 14-il jum. Barra minn hekk, il-plażma hija ppreferuta fuq is-serum għall-analiżi cfDNA minħabba kontaminazzjoni aktar baxxa tal-gDNA. Il-metodi ta 'ċentrifugazzjoni għandhom ukoll impatt fuq il-kwalità tas-cfDNA, b'kombinazzjoni ta' ċentrifugazzjoni ta 'veloċità baxxa u ta' veloċità għolja li tagħti riżultati ottimali.
L-effiċjenza ta 'estrazzjoni cfDNA tvarja bejn it-tipi ta' tubi u kits ta 'estrazzjoni. Tubi speċjalizzati jaqbżu t-tubi EDTA billi jippreservaw l-integrità ta 'cfDNA, li jirriżultaw f'effiċjenza ogħla ta' estrazzjoni. Fost il-kits tal-estrazzjoni, il-kit tal-aċidu nuklejku li jiċċirkola QIAamp jikklassifika l-ogħla fl-effiċjenza, li joffri rendiment u purità superjuri. Il-kit NucleoSpin Plasma XS jipprovdi prestazzjoni tajba iżda rendimenti kemmxejn aktar baxxi, filwaqt li l-Kit ta 'Iżolament ta' Aċidu Nukleiku Viral/Patoġenu MagMAX jagħti ħinijiet ta 'proċessar aktar mgħaġġla iżda riżultati inkonsistenti.
| Isem tal-Kit | Klassifikazzjoni tal-Effiċjenza tal-Estrazzjoni | Noti dwar il-Prestazzjoni |
|---|---|---|
| Kit ta 'aċidu nuklejku li jiċċirkola QIAamp | 1 | Rendiment għoli u purità. |
| NucleoSpin Plasma XS | 2 | Prestazzjoni tajba iżda rendiment kemmxejn aktar baxx. |
| MagMAX Viral/Pathogen Aċidu Nuklejku Iżolament Kit | 3 | Ħin ta 'proċessar mgħaġġel iżda riżultati varjabbli. |
Fatturi preanalitiċi, inklużi l-ħin tal-ipproċessar, il-kundizzjonijiet tal-ħażna, u l-metodi ta 'estrazzjoni, jinfluwenzaw b'mod sinifikanti l-effiċjenza tal-estrazzjoni ta' cfDNA. Il-preparazzjoni immedjata tal-plażma wara t-titqib tal-vini tirriżulta fi frammenti iqsar ta’ cfDNA, filwaqt li dewmien jista’ jwassal għal frammenti itwal u purità mnaqqsa. L-għażla tat-tubi tal-ġbir tad-demm taffettwa wkoll ir-rendiment tas-cfDNA u d-daqs tal-framment. Tubi speċjalizzati, flimkien ma 'protokolli ta' ċentrifugazzjoni ottimizzati, jimminimizzaw il-varjabilità preanalitika u jtejbu l-irkupru ta 'cfDNA.
Il-preservazzjoni tas-cfDNA maż-żmien tiddependi mit-tip ta’ tubi tal-ġbir tad-demm użati u l-kundizzjonijiet li taħthom jinħażnu l-kampjuni. Kampjuni tal-plażma miġbura f'tubi EDTA huma adattati għall-analiżi cfDNA jekk ipproċessat fi żmien sitt sigħat. Dewmien lil hinn minn dan il-perjodu jżid ir-riskju ta 'kontaminazzjoni tad-DNA ġenomika, u jnaqqas l-istabbiltà tas-cfDNA. Tubi speċjalizzati, bħal cfDNA BCTs, itaffu dawn ir-riskji billi jistabbilizzaw iċ-ċelluli bojod tad-demm u jipprevjenu r-rilaxx tad-DNA.
Konċentrazzjonijiet baxxi ta 'cfDNA huma partikolarment vulnerabbli għad-degradazzjoni waqt il-ħażna. Ċikli ripetuti ta' ffriżar u tidwib jaggravaw din il-kwistjoni, speċjalment għal frammenti akbar tad-DNA. L-użu ta 'tubi tal-polypropylene għall-ħażna jimminimizza l-assorbiment tad-DNA, u jkompli jippreserva l-integrità tas-cfDNA. Dawn il-miżuri huma kritiċi għaż-żamma tal-kwalità tas-cfDNA tal-plażma, u jiżguraw riżultati affidabbli f'applikazzjonijiet downstream.
L-istabbilizzaturi għandhom rwol ċentrali fiż-żamma tal-istabbiltà tas-cfDNA. Tubi speċjalizzati għall-ġbir tad-demm, bħal Streck u DNA Ħieles Miċ-Ċelluli BCT, fihom aġenti kimiċi li jipprevjenu l-liżi taċ-ċelluli u jinibixxu l-attività enżimatika. Dan inaqqas ir-rilaxx tad-DNA ġenomika fil-plażma, u jippreserva l-purità tas-cfDNA. Studji juru li dawn it-tubi jżommu l-kwalità tas-cfDNA ugwalment tajjeb sa tlett ijiem. Madankollu, wara sebat ijiem, tubi speċjalizzati jaqbżu t-tubi EDTA fil-prevenzjoni tad-degradazzjoni u l-kontaminazzjoni. Dawn il-karatteristiċi jagħmluhom indispensabbli għal xenarji li jeħtieġu ħażna jew trasport estiża.
Il-varjazzjonijiet fit-temperatura għandhom impatt sinifikanti fuq l-istabbiltà tas-cfDNA. Kampjuni tad-demm maħżuna barra mill-medda rakkomandata ta’ 6–37°C esperjenzaw żieda fil-kontaminazzjoni tad-DNA ġenomika. Per eżempju, ħażna f'4°C jew 40°C għal tlieta sa ħamest ijiem twassal għal żieda notevoli fil-livelli tad-DNA ġenomika, li tikkomprometti l-kwalità tal-plażma. PAXgene Blood ccfDNA Tubes jimminimizzaw l-emolisi u żżomm l-integrità tas-cfDNA taħt kundizzjonijiet li jvarjaw. Kampjuni maħżuna f'temperatura tal-kamra (sa 25 ° C) għal għaxart ijiem juru degradazzjoni minima, u jenfasizzaw l-importanza li jintgħażlu tubi xierqa għall-ġbir tad-demm għall-analiżi cfDNA.
It-tul tal-ħażna jaffettwa direttament l-istabbiltà tas-cfDNA. Il-preparazzjoni immedjata tal-plażma wara l-ġbir tad-demm tiżgura l-aħjar kwalità tas-cfDNA. Jekk iseħħ dewmien, il-kampjuni għandhom jitkessħu f'temperatura ta '2–8 °C għal mhux aktar minn erba' sigħat biex tiġi evitata l-kontaminazzjoni. Tubi speċjalizzati jestendu l-ħinijiet tal-ħażna mingħajr kundizzjonijiet ikkontrollati, jaqbżu t-tubi EDTA fil-preservazzjoni tal-integrità cfDNA. Dawn l-avvanzi jippermettu lir-riċerkaturi u lill-kliniċi li jżommu kampjuni tal-plażma ta 'kwalità għolja għal perjodi estiżi, li jiffaċilitaw analiżi cfDNA affidabbli.
Ir-riċerkaturi għandhom jagħtu prijorità tubi tal-ġbir tad-demm ta 'kwalità għolja biex tiġi żgurata l-istabbiltà tas-cfDNA u tiġi minimizzata l-varjabbiltà fl-esperimenti downstream. Tubi ddedikati, bħal PAXgene Blood ccfDNA Tubes, jistabbilizzaw cfDNA f'kampjuni tad-demm sħiħ u jnaqqsu l-emolisi waqt it-trasport jew il-ħażna. Il-plażma hija t-tip ta' kampjun preferut għall-analiżi cfDNA minħabba r-riskju aktar baxx ta 'kontaminazzjoni meta mqabbel mas-serum. Riċerkaturi li jwettqu studji fuq skala kbira jew kollaborazzjonijiet f'diversi siti għandhom jagħżlu tubi li jżommu l-integrità tas-cfDNA taħt kundizzjonijiet varji. Dan l-approċċ jiżgura estrazzjoni u purifikazzjoni affidabbli tas-cfDNA għal studji tal-bijomarkaturi.
F'ambjenti kliniċi, l-għażla tat-tubi tal-ġbir tad-demm tiddependi fuq ir-rekwiżiti speċifiċi tal-analiżi cfDNA. Kampjuni tal-plażma huma spiss preferuti għal skopijiet dijanjostiċi, peress li jipprovdu purità ogħla ta 'cfDNA. Il-kliniċisti għandhom jivverifikaw il-kompatibilità ta 'antikoagulanti ma' testijiet sussegwenti biex jevitaw ir-riżultati kompromessi. Tubi speċjalizzati, bħal Streck jew DNA Ħieles Miċ-Ċelluli BCT, huma ideali għall-preservazzjoni tas-cfDNA waqt it-trasport lejn laboratorji ċentrali. Dawn it-tubi jipprevjenu l-liżi taċ-ċelluli u jżommu l-istabbiltà tas-cfDNA, u jiżguraw riżultati preċiżi għal testijiet ta 'bijopsija likwida u applikazzjonijiet dijanjostiċi oħra.
Kundizzjonijiet ta 'ħażna xierqa huma essenzjali biex tinżamm l-istabbiltà tas-cfDNA. Kampjuni tad-demm għandhom jiġu pproċessati fil-pront biex tiġi evitata d-degradazzjoni. Jekk l-ipproċessar immedjat ma jkunx possibbli, it-tkessiħ f'2-8°C għal sa erba' sigħat huwa rakkomandat. Għal ħażna fit-tul, il-kampjuni tal-plażma għandhom jinħażnu f'-80°C biex tiġi ppreservata l-integrità tas-cfDNA. L-użu ta 'PAXgene Blood ccfDNA Tubes jiżgura stabbiltà waqt il-ħażna u t-tbaħħir, anke taħt kundizzjonijiet ta' temperatura li jvarjaw. Prattiki ta 'tqandil konsistenti jnaqqsu r-riskju ta' degradazzjoni tas-cfDNA.
It-tnaqqis tal-kontaminazzjoni waqt il-ħażna u l-immaniġġjar tas-cfDNA huwa kritiku għal analiżi affidabbli. Tubi ta 'ġbir tad-demm ta' kwalità għolja jipprevjenu l-liżi taċ-ċelluli u jnaqqsu l-kontaminazzjoni tad-DNA ġenomika. Protokolli standardizzati għall-preparazzjoni tal-plażma, ċentrifugazzjoni, u ħażna jtejbu aktar il-purità cfDNA. L-evitar ta' ċikli ripetuti ta' ffriżar u tidwib u l-użu ta' tubi tal-polypropylene għall-ħażna jgħinu biex tinżamm il-kwalità tas-cfDNA. Dawn il-miżuri jiżguraw li l-estrazzjoni u l-purifikazzjoni tas-cfDNA jagħtu riżultati preċiżi u riproduċibbli.
Għażla tal-lemin tubu tal-ġbir tad-DNA mingħajr ċelluli hija essenzjali għal analiżi cfDNA affidabbli. L-għażla tat-tubu tinfluwenza direttament il-kwalità tas-cfDNA billi tistabbilizza l-kampjuni u tipprevjeni r-rilaxx tad-DNA tat-tip selvaġġ miċ-ċelluli bojod tad-demm. Tubi speċjalizzati, bħal cfDNA BCTs, jaqbeż l-għażliet standard billi żżomm l-integrità tas-cfDNA sa 14-il jum. Il-plażma, preferuta fuq is-serum minħabba l-istabbiltà tagħha u r-riskju ta 'kontaminazzjoni aktar baxx, tkompli ttejjeb l-affidabilità tal-analiżi. Dawn il-fatturi jenfasizzaw ir-rwol kritiku tal-għażla tat-tubi biex jiġu żgurati riżultati preċiżi kemm għar-riċerka kif ukoll għall-applikazzjonijiet kliniċi.
